Вход   Регистрация
Вход   Регистрация


Новости

    Геномные характеристики и клинические проявления "британского" штамма SARS-CoV-2 B.1.1.7: Лондон, Великобритания: полногеномное секвенирование и групповое исследование на базе больниц

    12.04.2021

    Источник: The Lancet Infectious Diseases

    Аннотация

    Появление штаммов со специфическими мутациями в ключевых эпитопах в спайковом белке SARS-CoV-2 вызывает опасения, связанные с кампаниями массовой вакцинации и использованием моноклональных антител. Мы стремились описать возникновение штамма B.1.1.7, вызывающего обеспокоенность (VOC), одновременно включая вирусологические характеристики и клиническую тяжесть у пациентов с новым штаммом и без него.

    Методы исследования
    В этом групповом исследовании положительные результаты ПЦР на SARS-CoV-2, собранные с 9 ноября 2020 г. у пациентов, поступивших в одну из двух клиник не позднее 20 декабря 2020 г. в Лондоне, Великобритания, были секвенированы и проанализированы на наличие VOC-определяющих мутаций. Мы адаптировали модели регрессии Пуассона для исследования связи между инфекцией B.1.1.7 и тяжестью заболевания и смертью в течение 28 дней после положительного теста, и провели дополнительные геномные анализы в группе пациентов с хроническим выделением вируса и у пациентов, получавших ремдесивир. Вирусную нагрузку сравнивали, используя пороговые значения ПЦР и глубины считывания секвенирования.

    Выводы
    Из 496 пациентов с положительными результатами ПЦР на SARS-CoV-2 и отвечающих критериям исследования, у 341 были образцы, которые можно было секвенировать. 198 (58%) из 341 были инфицированы штаммом B.1.1.7 и 143 (42%) не имели варианта B.1.1.7. Мы не нашли доказательств связи между тяжестью заболевания, смертностью и происхождением (B.1.1.7 по сравнению с не-B.1.1.7) в нескорректированном анализе (коэффициент распространенности [PR] 0,97 [95% ДИ 0,72-1 · 31]) или в анализах скорректированных с учетом больницы, пола, возраста, сопутствующих заболеваний и этнической принадлежности (скорректированный PR 1 · 02 [0 · 76–1 · 38]). Мы не обнаружили мутаций, определяющих B.1.1.7 VOC, у 123 пациентов с хроническим нарушением иммунитета или у 32 пациентов, получавших ремдесивир. Вирусная нагрузка по косвенным признакам была выше в образцах B.1.1.7, чем в образцах, не относящихся к B.1.1.7, как измерено по пороговому значению цикла (среднее значение 28,8 [SD 4,7] против 32,0 [4,8] ; p = 0,0085) и глубина считывания генома (1280 [1004] против 831 [682]; p = 0,0011).

    Ключевые слова:
    COVID-19, SARS-CoV-2, “британский” штамм, B.1.1.7, Лондон, Великобритания

    Ссылка: https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(21)00170-5/fulltext